छत्रपति शिवाजी महाराज के गुजर जाने के बाद, जब छत्रपति संभाजी महाराज ने स्वराज्य की जिम्मेदारी संभाली, तो उन्हें सिद्दियों से बहुत बड़ी चुनौती का सामना करना पड़ा। औरंगजेब के समर्थन से, जंजीरा के सिद्दी कमांडर सिद्दी कासिम ने नागोथाने और पेण जैसे मराठा इलाकों में लूटपाट, आगजनी और हिंदू मंदिरों को अपवित्र करके आतंक का राज फैला दिया था।

कमांडर सिद्दी कासिम को अंग्रेजों से भी चुपके से सपोर्ट मिल रहा था, जो मराठों के साथ उनकी साइन की हुई एक ट्रीटी का सीधा उल्लंघन था। इसलिए, अंग्रेजों और नतीजतन सिद्दियों, जो स्वराज्य में रुकावट डाल रहे थे, पर लगाम लगाने के लिए, संभाजी महाराज ने एक मजबूत और आक्रामक योजना बनाई, जिसका असर जल्द ही राजापुर की घटना में देखा गया।